Wieś Małszyce pierwszy raz wzmiankowana była w dokumencie wystawionym dla arcybiskupa Jarosława ze Skotnik, potwierdzającym dobra arcybiskupie na Mazowszu – „Maliszicze”, „Malyschycze” (1359 r.). Inne określenia znajdujemy w kolejnych dokumentach: „Malyszice” (1359 r.), „Maliscze” „Maloszicz” (1360 r.), „Malosszice” (1392 r.), „Malischicze” (1445 r.), „Malsice” (1579 r.). Nazwa pochodzi od określenia mały – w nazwie osobowej Malysz. Wśród mieszkańców w XVI w. odnaleźć możemy kilku rybaków. Znajdowała się tu również cegielnia miejska. Wieś miała obowiązek wobec zamku łowickiego – pełnienie straży zamkowych. Ponadto „do oprzątnięcia trzody dworskiej kolejno kobieta przychodzić powinna”. W 1827 r. wieś liczyła 26 domów, w 1885 r. było ich już 45. Warto wspomnieć, że w 1858 r., w czasie ogólnopolskiej wystawy rolniczej, list pochwalny za „bydło włościańskie” otrzymał Stanisław Pudłowski z Małszyc. W 1914 r., w ramach ustawy o wspieraniu budowy szkół ludowych, nakładem ówczesnej gminy Bąków, została tu wybudowana szkoła powszechna.
Tragicznie zapisały się w historii wsi lata II wojny światowej. Jesienią 1940 r. nad Bzurą, na polu Jana Miziołka założony został hitlerowski obóz pracy przymusowej – „Polizeiheflager” w Małszycach. Na terenie obozu znajdowały się dwa baraki dla więźniów otoczone ogrodzeniem z drutów kolczastych i wieżami strażniczymi na rogach. Więźniowie wykonywali prace przy regulacji Bzury (do umacniania brzegów używano m.in. macew z cmentarza żydowskiego w Łowiczu). Początkowo w obozie osadzono Żydów z getta łowickiego, później również z warszawskiego. Więźniowie byli bardzo źle traktowani, bici i głodzeni. Spali na drewnianych piętrowych pryczach, bez sienników i okrycia (poza własną odzieżą). Latem 1941 r. Żydów wywieziono do getta w Warszawie, a w obozie w Małszycach osadzono jeńców radzieckich. Warunki więźniów były bardzo trudne. W tym czasie w obozie przebywało do 1,5 tys. Rosjan. Większość zginęła w wyniku wycieńczenia, chorób i przy próbach ucieczki. Następnie w obozie byli osadzani Polacy z łapanek i zatrzymani za drobne wykroczenia, a po wybuchu powstania warszawskiego uchodźcy ze stolicy. Obóz został zlikwidowany wraz z wycofaniem się Niemców. Drugi, mniejszy obóz pracy przymusowej znajdował się przy młynie w Kapitule, po wschodniej stronie Łowicza. Po wojnie obozowe baraki przeniesiono z Małszyc do Łowicza, gdzie jeszcze na początku lat 80. XX w. pełniły funkcję komunalnych budynków mieszkalnych (ul. Powstańców 1863 r. i Zgoda).
Wieś Małszyce liczy obecnie 283 mieszkańców.
{pgslideshow id=12|width=320|height=240|delay=3000|image=L}