Wieś Mystkowice położona obecnie na prawym brzegu Bzury wzmiankowana jest po raz pierwszy w 1359 r. – „Mystkovicze”. W 1579 r. występują „Mislkowice”, w 1792 r. „Mystkowice”. Nazwa wsi ma pochodzenie odosobowe od słowa Mysłek. W przeszłości położona wśród rozlewisk rzeki Bzury, których pozostałością są starorzecza zwane „Dołami Mystkowickimi”. W 1406 r. wzmiankowany jest Rygier „Rygcza” z Mystkowic. Już w XV w. wieś została wyłączona z dóbr arcybiskupich. W 1456 r. przeszła na własność kapituły łowickiej, która posiadała tu już sołectwo podarowane przez Mikołaja z Kiełkowic. Za czasów arcybiskupa Piotra Gamrata, po zamianie wsi na Mysłaków, ponownie przywrócono ją do dóbr stołowych arcybiskupa. W XVI w. wzmiankowana jest wieś z rybakami. W 1785 r. liczyła 11 domów i 33 mieszkańców, 16 wołów, 5 koni i 18 krów. W 1827 r. było 21 domów i 156 mieszkańców, w 1885 r. 35 domów i 279 mieszkańców. Na południe od wsi, po przeciwnej stronie drogi Łowicz – Bielawy położone są Małe Mystkowice, powstałe na obszarze dawnej osady młyńskiej. Miejscowość zasłynęła w cyklu powieści Juliana Gałaja „Mystkowice wioska mała”. W czasie II wojny światowej w tym rejonie odbywały się zrzuty „Cichociemnych” z Anglii, a w ich odbiór zaangażowani byli mieszkańcy okolicznych wiosek działający w ruchu oporu.

Wieś obecnie liczy 170 mieszkańców.